Не стоит заморачиваться по поводу структуры, есть папки или нет папок - это абсолютно не важно. В цеттеле нет привилигированных мест у тех или иных заметок.

Структура - личное дело каждого, но на ней не стоит фокусировать слишком много внимания. Пробуйте что-то структурировать, только если действительно почувствуете в этом не обходимость, а до тех пор, пусть всё находится в одной куче.

Более того, отсутствие структуры - это преимущество. Структура не будет ограничивать ваши мысли, помещая их в какие-либо рамки. Это поможет вам лучше устанавливать связи между заметками и использовать одну и ту же информацию в разных контекстах.

Со временем вы сами поймёте что стоит структурировать, а что нет.

Например, может показаться удобным вынести отдельно папку с шаблонами заметок. Или хранить вложения отдельно. Другой пример: один из авторов этого текста отделяет только отдельные заметки (карты), с которыми работает регулярно.